#1	WILD CARD	スワンソンが殺されエントリーカードを警察から回収する任務に就いたメンバーだが失敗する。スワンソンの直属の部下だったギークは死の真相を突き止め様ようとしていた。　同じ目的の為協力し合う事になり、犯人は暗殺集団を作ろうとスワンソンに持ち掛け断られた
	切り札
#2	潜入	サンティアゴが逮捕され司法取引に応じメンバーが護送の任務につくが失敗する。サンティアゴが実はニック・ベルデッキオという名の特別捜査官である事が発覚した。情報が漏れ襲われるが任務を遂行する。任務中の捜査官の一人と10年来の友人である人物が５００万ドルに目がくらみ裏切っていたが逮捕され、ニックはメンバーに加わる。
	ＷHO'S WHO
#3	抹殺	ロボスが暗殺され二重国籍スパイの愛人ロクサーナが誘拐され長官は彼女の救出を依頼する。不可能な場合は抹殺せよとの事だった。誘拐犯はテロリストのグレゴリオ。メンバーは救出するが政府軍が来て脱出不可能に思えた。実はロクサーナはグレゴリオの恋人でマットが捕らえられる。救出に向かった彼らは彼女を抹殺する。
	SPYDER'S WEB
#4	監視	議員の娘シェリーが一週間前から行方不明になり父親から捜索を依頼され、少佐達3人はパラシュートでコロンビアに入る。シェリーは麻薬王の息子と付き合い屋敷にやって来たが、そこで麻薬王とキャベナー下院議員の密会を目撃した為に監禁されていた。マーゴが彼女を救出させ様とするが、ヘリが時間どうりに来ない。間一髪でヘリに乗る。
	PARTY GIRL
#5	拘束	貴重なリストを受け取りにマーゴが単身でベルリンに飛ぶが受け渡しに失敗し、接触相手が殺害される。彼女は再度受け渡しの任務につくが、撃たれ助けを求めた大使館員ウェブスターに嵌められた為に捕らえられる。メンバーはマーゴを救出する為にベルリンに飛ぶ。そして、マーゴを救出し二重スパイのウェブスターを逮捕する。
	A WALK IN THE PARK
#6	交渉	リビアのテロリストを護送した飛行機が不時着した。実はハイジャックされていた。アイスランドで極秘の取引の為、ゲイフ教授と3人を交換する事になっていた。テロリスト達を、生捕りにする任務に就いた少佐達は２人を捕える。時すでに遅く教授はリビアに送り返され様としていた。間一髪で３人目を捕え、ゲイフは５年振りに米国に。
	TRADE OFF
#7	裏切	イラクのトップスパイ、ハムザが亡命する為の任務に就くが、イラク側の男４人に連れ去られる。ハムザはイラク大使館の地下に監禁されていた。電話の修理を装い彼の救出に成功するが情報が漏れていた。ブライスが裏切っていた為ＣＩＡがハムザを保護したにかかわらず2人は姿を消す。接触場所で晴れてハムザの亡命が成功する。
	IRAQ AND ROLL
#8	追尾	ジュネーブで、狙撃犯ガブリエルかもしれない男、ヨハン・ミランを監視する為に現地に飛んだメンバーは、彼が動き出す気配がない苛立ちを感じていた。が突然行動を開始したヨハンの尾行中見失ってしまう。やはり男はガブリエルだった。彼がテェックインしたホテルの近くでインド高官を狙撃しとうとし、少佐に撃たれてガブリエルは果てる。
	HIDE AND SEEK
#9	偽装	武器売買、スパイ行為、テロに関っているジェンソン夫妻が交通事故死した為に夫妻を装ったマットとマーゴは彼らの仕事を探る。手帳どうりの行動をこなすが尾行され残っているメンバーをサンフランシスコに呼ぶ。接触相手はマディソンでビーズリーを暗殺する依頼を受け前金を渡される。偽の暗殺事件を仕組んだ彼らはマディソンをオークランド空港で逮捕する
	ＣＨARADE
#10	誘拐	ベニーレイの息子ビリーが目の前で誘拐される。出所し強制送還になっていたカトリーナが舞い戻り父を獄中死させた彼らに復讐する為にビリーを誘拐した事がわかる。ベニー・レイはマットと救出方法で衝突し彼に銃口を向けるが大事には至らなかった。単身救出に向かうベニーレイの後をメンバーも追いビリーは救出される。カトリーナ逮捕で麻薬組織は壊滅状態になる。
	TETHERED GOAT
#11	悪魔	フランスのCIAがアルジェリアのテロ組織に爆破される。犯人抹殺と爆弾処理の任務の為マルセイユでギークと落ち合うチーム。犯人のジョン・ハーキンの居所をアントワーヌに聞き出そうとジムで待ち伏せする。マーゴはハーキンと昔、恋人同士だった事で、おびき出そうとして連れ去られる。マーゴの意思でマイクロフォンを外した為、マットに任務からおろされるが、次の爆破場所が学校だと知り、ハーキンを殺しに行く。
	FIGURE EIGHT
#12	秘密	ルーマニアの内戦で生き別れになっていたマーゴの兄が世界教会会議に出席する為にアメリカに来る。彼女はマットと一緒に再会場所に行くが、テロリストに乗っ取られる。兄はマーゴの仕事を知らないが戦うしかなかった。テロリストに彼女も捕らえられマットは応援を仲間に要請するが、彼も捕らえられる。正体を明かさなければマーゴと兄を殺すと脅される。マーゴを助ける為に兄は撃たれるがマット達が間一髪で救出する。
	THE LORD IS MY SHEPHERD
#13	誤算	ＮＡＳＡの通信衛星妨害電波の調査でアマゾンにいた調査チームが忽然と姿を消す。チームはアマゾンに行き彼らの惨殺死体を発見するが、一人は不明になっていた。突然、襲撃され、撤退するが、偶然出あった男に先住民の居住区迄案内させる。犯人はマットの戦友キーンで部隊長になり、金儲けを企んでいた。３人を人質にされたマットはキーンに協力する振りをして救出する。帰国後マットはキーン達が生存している事を知る。
	THE VESTIGE
#14	奪還	政府管轄の化学工場に調査の為に潜入したが、罠だった。ベニー・レイとマーゴは撃たれ病院の特殊病棟に拘束される。国家安全保障局のウインターに尋問されるが、正体を明かさなかった｡ウインターは化学兵器を計画どうり売買するつもりでいた。翌日の朝９時に陸軍病院に２人が移送される事を突き止めたマット達はエレベーターに細工をして、ベニー・レイとマーゴの救出に成功する。ウインターはＦＢＩに部下と逮捕される。
	CRITICAL LIST
#15	偽物	休暇にでたマット達は車の故障で、ある町の修理工場に立ち寄り町の様子が、おかしい事に気付く。住人達は彼らを、早く追い出そうとするが、車の故障を仕組んで、町を探る。ニックはウエイトレスのナンシーの様子が気になり会いに行くが、反対に捕えられてしまう。この町はテロリストの訓練施設だった。ナンシーは殺され、ニックを救出する為に少佐達は作戦を開始し、町全体を壊滅させた後、休暇の川くだりに出発する。
	WELCOME TO BENT COPPER
#16	洗脳	フランスの研究所で心臓発作誘発薬を盗んだ男が指紋を残した。ホワイトドラゴンのコードネームを持つ中国の情報員でベトナム戦争で行方不明になっていたマットの父である事が解る。マット達はフランスＣＩＡの協力で中国大使館のパーティ最中に薬を取り戻すため侵入するが、父を目撃する。父は中国側の再プログラムにより全ての記憶を失っていた。主席補の命を狙う父は寸前に断片的に記憶を取り戻しマットに止められる。
	ＷＨＩＴＥＤＯＲＡＧＯＮ
#17	疑惑	トラウトが二重スパイの容疑をかけられ、国防総省から追われマット達に救いを求めてくる。マット達が捕らえようとした男コズリンコの前に女が現れ彼を見失う。チームは女ジョウディを拘束し、ペンタゴン所属である事を突き止める。ジョウディはトラウトの不利な情報をマット達に話し、チームの気持ちを乱すが、揺れ動く心を抑えて彼らはトラウトの容疑を晴らす作戦を開始しする。犯人はトラウトの秘書ジョウディだった。
	REASONABLE DOUBTS
セカンドシーズン終了