＃４５炎の中のバリア INTO THE FIRE		ハトルの捕虜となったオニール、カーター、ジャクソン。一方ティルクはチームを辞め、単身で3人の救出の為チューラクからブレイタクの所に戻りタウリの民にゴアウルドが神ではないと説きゴアウルドと闘う勇気ある戦士を求める。オニールはゴアウルドの宿主にされるが、トクラの工作員であるローリー軍医に冷凍処置で助けられる。カーター達はゲートの回りに張られているバリアの為、基地に帰還できる可能性が少ない。オニールはカーターに助けられる際にハトルを殺し、バリア破壊の目的の偽、偽りのＳＧ基地のエネルギー源に爆薬をセットする。ティルク、ブレイタク、将軍達の助けで無事帰還する。


＃４６カルト集団 SETH		カーターの父（トクラのセルマク）がやって来てゴアウルドの支配階級のセテシュを捜す協力を依頼する。ジェイコブはサムの兄と仲たがいをしたままになっている事を気にしていた。カルト教団の教祖セスがセテシュである事が判明しＡＴＦと協力してセスを捕え様とするが、彼には細菌兵器がある。だが、一度感染すると免疫ができる事も解りオニールが指揮官となり信者の開放とセスの捕獲の為に地下トンネルから侵入するが捕られる。３人はトクラの協力者である事を知られるがザットガンの電気ショックで感染から逃れセスはカーターのハンドリボンに倒れ命を落とす。ジェイコブはカーターの兄を訪ねて仲直りする。


＃４７宇宙人不可侵交渉 FAIR　ＧＡＭＥ		カーター大尉が少佐に昇進する。オニールが祝辞の挨拶をしている最中に突然消える。アスガードの宇宙船に転送される。アスガードのトールの助けを借り、地球とゴアウルドの支配者階級との間に不可侵条約を結ぶ事になる。三人のゴアウルドが会談の為に地球に来訪するが、会談中オニールの発言が原因で決裂する。会談再開となるがゴアウルド側の条件の一つにゲイトの撤去が含まれていた。支配者階級のクロノスが瀕死の重傷をおいティルクが疑われるが、犯人はスティルスを使い姿を見えなくしたニィルティだった。カーターがクロノスを救う。クロノスはゲイト没収を諦め地球を襲わない約束で去る。


＃４８マ・チェロの遺産 LEGACY		9人のゴアウルドの死体を見つけたＳＧ１は文字盤を持ち帰る。ダニエルに奇妙な幻覚、幻聴が起きマッケンジー軍医はダニエルが精神異常を起こしている為にサナトリュウムに送るが症状は悪化していく。ダニエルはゴアウルドを倒す為に作られた生物兵器がマ・チェロの遺言である事を知る。ティルクが犠牲になり宿主と共に死にかけていた。ダニエルは回復し、その生物兵器を調べるがオニール、カーター、フレイザー軍医が感染してしまう。カーターだけが大丈夫でワクチンを作る為に血液を遠心分離機にかけ急速冷凍する。注射接種で全員が助かる。


＃４９捻れたIQ LEARNING CURVE		技術交換の為にオーバからウルロンのメルリンがやって来る。ナクアダリアクター装置の使用法を知るメルリンは11歳。オーバのトーミンはティルクにゴアウルドの全てを教えられアベリウムをすませる。アベリウムとはウルロンの子供のナノサイトを他の子供達に分け与える儀式である。メルリンはオーバに帰りアベリウムの儀式をすませたいと言うが大佐は承知しなかった。大佐はメルリンを学校に連れて行き絵を描く楽しみを学ばせ、オーバに帰らせる。ケイロンからの連絡で大佐達はオーバに行き、子供達が遊びの楽しみをメルリンから引き継いだのを知り感動する。

＃５０パラレルミラーの世界 POINT OF VIEW		エリア５１の量子ミラーで死んだはずのコワルスキー少佐とカーター博士が別世界から逃げて来た。その世界はゴアウルドに攻撃され滅亡寸前だった。サムは別世界でオニールの妻だった。コワルスキーとサムは、こちらの世界に留まりたいと申し出、許されるが量子ミラーの副作用でエントロピーの増大が起き戻る以外に生存の方法がない。別世界のアスガードに助けを求める為にカーター、コワルスキー、オニールとティルクは出発する。ティルクはゴアウルドの衣装を付けアポフィスの目をごまかす。計画は成功しサムはアスガードに助けを求めるが、ティルクの裏切りが判明しアポフィスが激怒する。その時アスガードが救助に来る。彼らは別々の世界に帰って行く。


＃５１宇宙の賞金稼ぎ DEADMAN SWITCH		ＳＧ１は賞金稼ぎのアーリス・ポッターに出くわし捕らえられる。アーリスはゴアウルドに頼まれ、ケルターを追っていた。地球に帰す替わりに、ケルターを追う手伝いをするという交換条件を承諾するＳＧ１。ケルターを捕らえたが、彼はゴアウルドではなくトクラのコーラだった。助けを求められ協力するが、アーリスに見つかり、全員が捕らえられる。コーラの替わりにティルクがアーリスに連れられソーカーに引き渡される為に宇宙船に乗るが、アーリスは心を入れ替えティルクを助けると共に船を発させる。


＃５２悪魔の生け贄ＤＥＭＯＮＳ		ＳＧ１が訪れた星ではヨーロッパ中世時代の様に生け贄の儀式が行われていた。ソーカーの手下ウナスがゴアウルドの宿主を提供する為に住民を生け贄にしていたた。チームもゲートでやって来たので悪魔の手先だと思われる。ティルクは水に沈められ死んだかの様だったが、幼生に助けられる。ウナスが現れチーム全員と住民の女性一人を生け贄とし連れて行こうとするが、住人が危険を顧ず助けてくれたのだった。この星のゲートはチームが地球に帰ると悪魔が二度と現れない様に埋められる事になる。


＃５３命を賭けた戦斗ゲーム RULES OF ENGAGEMENT		ＳＧ１が訪れた惑星でアポフィスを神と崇める民が地球人ＳＧＸチームとジャファ部隊とに分かれ戦闘訓練を行っていた。ＳＧ１チームは訓練中に出くわし、ガンで気絶させられたしまう。彼らはアポフィスが死んでいる事を信じようとせず訓練ではない最後の実戦に進んでいく。彼らを救う為、ＳＧ１チームはアポフィスの死の直前の映像を見せ無駄な犠牲者がでないように説得する。彼らは納得し我が家へ帰る事になる。


＃５４愛は永遠に FOREVER IN A DAY		ダニエルはゴアウルドになった妻シャーレと偶然会う。ハンドリボンでダニエルを殺そうとしていたシャーレをティルクは殺す。ダニエルは妻を殺したティルクを許す事が出来ない。妻を捜す目的を失い将軍に辞表を提出するが、その後不思議な夢ばかり見る。夢の中でシャーレがティルクを許し坊やを捜して欲しいと頼む。ゴアウルドの全てを知るシャーレの生んだ子供ハルセイサスを捜す決意をしたダニエルはＳＧ１チームに戻り、単身シャーレが死んだ場所に行き彼女のメッセージを確認する。


＃５５記憶喪失ＰＡＳＴＡＮＤＰＲＥＳＥＮＴ		ヴァイラス星にやって来たＳＧ１は、記憶喪失になっている住民達に出会う。1年前に突然ボーリックスが起こりその前の記憶が全く無くなり子供と老人の姿も消えたと住民に聞く。ヴァイラス最高司令官のケーラに会ったＳＧチームはザービス博士の論文から前にリネアという訪問者が来ていたことを知る。オニール達は自分達のミスからリネアをヴァイアス星に逃亡させてしまった責任を感じていた。記憶を取り戻す方法を見つけるためにケーラ達と共に地球にもどる。フレーザー軍医の調べでケーラ達の脳内に記憶の伝達を阻む物質があることが判る。ケーラとダニエルは、お互い惹かれ合っていた。


＃５６ジョリナーの回想ＪＯＬＩＮＡR’ＳＭＥＭＯＲＩＥＳ		サムの父（トクラのセルマク）がソーカーに捕まり地獄星ネトゥーの連れ去られる。救出の協力を求めマートフがやって来る。今までに脱出出来たのはジョリナーだけだった。ソーカーの貴族連盟攻撃の情報もセルマクから聞かなければ銀河系滅亡の危機に陥る。ＳＧ１は船を使いネトゥ到着迄にジョリナーの記憶を引き出す為、サムに記憶抽出装置を使う。そして、ジョリナーを助けたソーカーの右腕バイナールに会うが、殺される寸前のサムをソーカー王ネオナクが救う。転送リングで脱出しようとしたが、ネオナクが現れる。ネオナクは死んだ筈のアポフィスだった。


＃５７蘇る魔神ＴＨＥ　ＤＥＶＩＬＹＯＵ　ＫＮＯＷ		ネトゥーはアポフィスの星になったが、ソーカーから自由の身になる為に地球とトクラの情報を渡そうとＳＧ１チームを拷問する。ソーカーの血を飲まされ記憶を引き出そうとするが、全員が負けなかった。しかしマートフは偽のアドレスをアポフィスに喋る。アポフィスはソーカーと交渉し、ソーカーの待つ母船にソーカー王を殺しに行くが、その時トクラがソーカーを滅ぼす為ネトゥのコアに爆弾を撃ち込む。爆発迄１２分しかない。アポフィスはソーカー王に殺されそうになるが、反対に王の右腕を殺す。ＳＧ１とトクラも全員が爆発から逃れる。


＃５８侵略されたＳＧ基地ＦＯＯＴＨＯＬＤ		亡きシャーレから聞いたハルセイサス捜索の任務で惑星から帰還したＳＧ１は、医務室で検疫の注射を受けるが全員の意識がなくなる。ティルクが意識を取り戻し、基地がエイリアンに侵略されているのを知る。カーターも目覚めメイボーン大佐に助けを求める為にワシントンに行く。迎えに来たオニールとダニエルもエイリアンだとわかり撃つ。カーターはメイボーン大佐の部隊突入の前にエイリアンにすりかわった隊員を救出する為に基地に戻る。撤退しようとしたエイリアンだがアイリスを閉じられ自爆する。将軍にメイボーン大佐は今回の働きを認められる。

＃５９異性間裁判ＰＲＥＴＥＮＳ		トラン人ナリムはカーターに貰った猫のシュリデンガーと共にＳＧ基地にやって来た。アビドース人のスカーラのトライアド（裁判）のアーコン（弁護人）に指名されたオニールとダニエルはチームとトラナ星に行く。一つの身体に共存するスカーラとクロレルの知性との間で、どちらに先入権があるかを決定する裁判が始まる。中立の立場のノックスのライアもやって来る。クロエルのアーコンはジバクナ卿だが、彼は惑星トラナを攻撃しようとしていた。テイルクはライアの協力を得て、ジバクナ卿の侵略を阻止し、トライアドはスカーラが勝つ。スカーラの身体からクロエルは分離され元のスカーラにもどる。


＃６０生命体アーゴＵＲＧＯ		移民可能であるかどうかの調査の為にチームはゲイトををくぐるが、基地に逆戻りしてしまう。だが、実は１５時間も経過していた。フレイザー軍医の検査を受けるが異常はなかった。ところが、４人は味覚、嗅覚が敏感になり、後脳の中に電磁波を発する装置が埋め込まれている事がわかる。彼らはアーゴという意識を通じて脳の中に生きている生命体を共通して見ていた。アーゴを取り除く為、プログラムを作ったトガーに会いに行ったチームは、邪悪さに驚くが、トガーはアーゴを彼自身に同化させる。アゴーが去った４人は基地に帰還するが、又１０時間経過していたのだった。


＃６１火の雨Ａ　ＨＵＮＤＲＥＤＤＡＹＳ		イドーラ星はナクアダ鉱石のある地層の調査の結果、１５０年周期で隕石の落下が起きる事がわかる。イドーラの住人を隕石から守る為に、一時地球に避難させる。しかし、レイラの息子ギャランが洞窟にいる為にオニールは捜しに行き、地球に帰る事が出来なくなってしまう。ゲイトは隕石落下で地表から消えてしまう。レイラはオニール大佐に好意を持ち、彼も受け入れる。基地ではオニール大佐を救う為にティルクが命をかけ、埋まっているゲイトをくぐる。オニールは地球に帰還する事が不可能だと思いレイラと共に生きようと努力するが、ティルクが救出に来、レイラに別れを告げる。


＃６２ハイテク大泥棒ＳＨＡＤＥＳＯＦＧＲＥＹ		地球へ武器提供を断ったトランの最高評議会に怒りを感じた大佐は武器無力化装置をトランから盗み帰還するが、将軍に早期退役を命じられる。議長が装置を取り戻す為に基地にやって来る。謹慎しているオニールを訪ねてきたダニエルは真意を確かめられずに帰るが、後メイボーン大佐がやって来て新しいポストを用意すると申し出オニール大佐は受け入れる。ゴアウルドに対向する最新兵器を盗むチームの指揮官になり、アスガードの武器を手に入れた大佐は突然、態度を豹変させ盗品を次々に返却する行動をとる。全てはハモンド将軍と大佐が計画の作戦で武器を盗んだ犯人を捕らえる為の行動だった。


＃６３オブトリカンの伝説ＮＥＷＧＲＯＵＮＤ		長期間開かなかった惑星P2X416のゲイトが開き、ダニエルはナイアンという住人とコンタクトを取る。ＳＧ１が調査の為、その星を調査の為に訪れるが、オブトリカンとベトロジアンという民族が起源の考えの違いで敵対していた。ベトロジアンがＳＧチームをオブトリアンのスパイだと信じて捕らえる。テイルクは逃れるが視力を失ってしまう。ナイアンに助けられ視力を取り戻したティルクはナイアンと共にオニール達を救出に向かう。その頃、ハモンド将軍は帰還しないチームを心配しゲートを開け、彼らが捕らわれている事を知る。種の起源はオブトリカンの伝説は正しい事を知ったナイアンはチームと地球に帰還しダニエルの研究を助ける事になる。


＃６４禁断の惑星ＭＡＴＥＲＮＡＬＩＮＳＴＩＮＣＴ		チューラクからマスター・ブレイタクが基地に来る。アポフィスに攻撃され負傷していた。ＳＧ１はドアウルドを倒す為にアポフィスの子ハルセイサスを捜しにケブという惑星に出発する。すでにその場所はゴアウルドがやって来た後で、ハルセイサスの女官達は殺されていた。寺院を見つけ、僧にハルセイサスの居場所を尋ねるが、解らないのでダニエルが僧に時間をかけ聞き出そうとする。ついにハルセイサスを見つけ出したダニエルは彼を連れて行く事を断念する。再び、ゴアウルドの襲撃をうけるが、ダニエルがオニール達に武器を棄てるように説得すると、エイリアンが現れ、ハルセイサスを守りながらケブを去って行く。


＃６５水晶のドクロＣＲＩＳＴＡＬＳＫＵＬＬ		ゲートが開き巨大ピラミッドが現れ、内にクリスタルのドクロの存在がわかる。ドクロはダニエルの祖父ニックが昔見つけた物と同じで、眼を凝視すると瞬時にテレポートするという物だった。調査の為ＳＧ１は現地に行くが、ダニエルがドクロからのエネルギーを受け消えてしまう。３人は瀕死状態で基地に戻りティルクはピラミッドからドクロを持ち帰る。ダニエルも姿は見えないが基地に戻り、ジャック達とニックに会う為サナトリゥムに行きニックを基地に連れ帰る。ニックだけにダニエルは見え、再び５人でピラニッドにドクロを返し、巨大エイリアンとの友情を育む為にニックはその場所に留まりダニエルは帰還する。


＃６６機械虫の反乱ＮＥＭＥＳＩＳ		オニールが久し振りの休暇で釣りに行こうとした時、突然アスガードの宇宙船に転送され瀕死のトールから彼らの天敵レプリケーターに船を占拠された事を聞く。レプリケーターは船のコンピューターに侵入し情報を吸収して地球に向かっている。ティルクとカーターはオニールからの依頼の爆薬を持ち船に来る。レプリケーターは船の合金を食べ複製を作る使命を持って要る為、オニール達は大気圏突入の際にテクノバグと共に船を爆破する計画を立てるが失敗し、ＳＧ基地のゲイトを船に転送してゲイトからＰ３Ｘ２３４に脱出しようとしていた。船はカルフォルニアに降下しバラバラになるが機械虫は生存していた。


サードシーズン終了